В далёком прошлом на Луне существовало королевство — Серебряное Тысячелетие. Оно мирно сосуществовало с Землёй. Принц Земли Эндимион и принцесса Луны Серенити полюбили друг друга, но люди, охваченные тёмной силой, напали на Серебряное Тысячелетие. Воспользовавшись силой Иллюзорного Серебряного Кристалла, Королева Селенити сумела остановить захватчиков, но её королевство было уничтожено. Всё, что смогла сделать Королева Селенити, это устроить так, чтобы её дочь и её воины-хранители родились вновь в будущем в мирное время и смогли прожить там счастливую и спокойную жизнь.

Главная героиня «Сейлор Мун» — Усаги (в переводе первых трёх сезонов аниме — Банни) Цукино. Она была обычной школьницей, пока не встретила говорящую кошку Луну. Луна помогла Усаги пробудить свои силы и научила девушку превращаться в Сейлор Мун, чтобы сражаться со злом, пытающимся захватить Землю. В сражениях к ней присоединились и её подруги — другие воины в матросках.

С развитием сюжета сейлор воины узнают больше о своих врагах и силе, направляющей их. В то же время раскрывается правда об их прошлых жизнях и о будущем солнечной системы.

Сюжет делится на пять основных сюжетных арок, каждая из которых была представлена и в манге, и в аниме. Их названия: арка «Тёмное королевство», арка «Чёрная Луна» (Sailor Moon R), арка «Бесконечность» (Sailor Moon S), арка «Мечта» (Sailor Moon Supers) и арка «Звезды» (Sailor Stars). В аниме демонстрируется дополнительно небольшая арка в начале второго сезона и первые серии пятого Sailor Stars завершают сюжет предыдущих серий.